芥菜种主日学负责教会儿童事工，目前开设从青少年（高中以下）到幼儿（3岁以上）的主日学校（每主日上午）。芥菜种主日学一般在春秋两季招生。芥菜种主日学由恩平师母任负责人，王莹姊妹辅之。
北京守望教会芥菜种主日学创立于2000年，目前有学生八十多人，教师24名，共分为六个班，分别是冬天班（三岁）、春芽班（四至五岁）、春天班（一、二年级）、夏天班（三年级）、秋天班（四、五年级），青少年班（小学六年级至初中三年级）。另外还有吉他班和合唱团两个小组。学生根据年龄从三岁到十几岁不等。芥菜种主日学创立的8年里，无论是从学校规模还是师资力量都在日益增强和壮大。
我们的异象：
第一、帮助孩子们从小认识神、敬畏神、爱神，并在主的爱中健康成长。
第二、帮助其他教会的儿童和青少年事工。
人的灵魂没有高贵与卑贱、深浅和大小之分，在神的眼中每一个灵魂都是同样宝贵的。让孩子们从小认识神、亲近神、敬畏神，是我们成年人的责任也是神托付给我们的重任。通过参加每周一次的教会儿童主日学，孩子们从陌生到模糊，从模糊到真实，慢慢地认识到神的爱、公义和怜悯。小小生命在悄无声息地变化着、更新着。作为儿童主日学的教师，每当从一个个活泼可爱的孩子们身上看到一点一滴生命的变化时，心中感到无比的兴奋、感恩和激励。
一粒粒小小的芥菜种子正撒在中国北京的土壤里，祝愿他们都扎根在土壤里，祝愿我们每一位成年人都成为肥沃的土壤，让每一粒种子都生根发芽、茁壮成长——成为一棵棵参天大树！（恩平老师）